10.000-7000 π.Χ.: Ύστερη νεολιθική κεραμική σε ένα νησάκι βόρεια των Διδύμων
5000 π.Χ.: Εργαλεία από οψιδιανό λίγα χιλιόμετρα βόρεια και νότια των Διδύμων
1500 π.Χ.: Χάλκινα όπλα από τάφο (ή τάφους) 2 χλμ. νότια των Διδύμων
Ύστερη 2η χιλιετία π.Χ.: Θραύσμα μυκηναϊκής κύλικας κοντά στο ναό του Απόλλωνα
700 π.Χ.: Οικοδόμηση του σηκού Ι γύρω από το ιερό πηγάδι
600/550 π.Χ.: Οικοδόμηση του πρώτου ναΐσκου
7ος αι. π.Χ.: Πομπές από τη Μίλητο στα Δίδυμα
μετά το 608 π.Χ.: Ο Φαραώ Νεχώ αφιερώνει ενδύματα ή όπλα στον Απόλλωνα
6ος αι. π.Χ.: Αποστολή αναθημάτων από το βασιλιά Κροίσο στα Δίδυμα. Μαρμάρινα αγάλματα των λεγόμενων «Βραγχίδων»
560/530 π.Χ.: Έναρξη κατασκευής ναού ΙΙ (αργότερα μετατροπή του σχεδίου)
494 π.Χ: Ο βασιλιάς Δαρείος λεηλατεί τη Μίλητο – και τα Δίδυμα;
479 π.Χ.: Θεσμοσθέτηση εκ νέου της πομπής από τη Μίλητο στα Δίδυμα
330 π.Χ.: Έναρξη κατασκευής ναού ΙΙΙ
περ. 300 π.Χ.: Ολοκλήρωση κατασκευής ναΐσκου ΙV. Πρώτη μνεία αθλητικών και μουσικών αγώνων προς τιμήν του Απόλλωνα
277/276 π.Χ.: Οι Γαλάτες λεηλατούν το θησαυρό του ιερού
Ύστερος 3ος αι. π.Χ.: Τα μεγάλα «Διδύμεια»
219-217 π.Χ.: Οι τοίχοι του άδυτου ολοκληρώνονται κατά το ήμισυ
περ. 160 π.Χ.: Οι τοίχοι του άδυτου σχεδόν ολοκληρώνονται
44 π.Χ.: Ο Καίσαρας επεκτείνει το άσυλο του ιερού του Απόλλωνα
101/102 μ.Χ.: Το τέλος της ιεράς οδού στρώνεται με πλάκες μαρμάρου (επί Τραϊανού)
120-170 μ.Χ.: Εντατικοποίηση των εργασιών κατασκευής του ναού
177 μ.Χ.: Διδύμεια Κομμόδεια
391-400 μ.Χ.: Τερματισμός της ειδωλολατρείας
5ος/6ος αι. μ.Χ.: Χριστιανική βασιλική εντός του ιερού
μετά τον 6ο αι. μ.Χ.: Καλλιέργεια ελαιόδεντρων στο ύπαιθρο γύρω από τα Δίδυμα
περ. 700 μ.Χ.: Κατασκευή οχυρού μέσα στο ναό του Απόλλωνα
14ος αι. μ.Χ.: Κατάληψη του οχυρού-ναού από τους Σελτζούκους
1493 μ.Χ.: Καταστροφή του ναού από σεισμό