Εργογραφία
Ο Ευστάθιος υπήρξε ένας από τους πιο σπουδαιότερους λόγιους ιεράρχες της εποχής του και συνετέλεσε σημαντικά στην καλλιέργεια της φιλολογίας και της θεολογίας.
Έγραψε (εκτός από διάφορες προσλαλιές και λογοδοσίες):
Τα εν Τραπεζούντι σχολεία, Κωνσταντινούπολη 1855.
Ο Βουλγαρισμός προ του ιστορικού, του εθνοπολιτικού και του εκκλησιαστικού βήματος, Κωνσταντινούπολη 1864 (έργο στο οποίο συμπυκνώνονται τα επιχειρήματα της πλευράς του Οικουμενικού Πατριαρχείου απέναντι στις διεκδικήσεις των Βουλγάρων για εκκλησιαστική αυτονομία).
Επιστολιμαία διατριβή κατά των προτεσταντικών πλανών, Κωνσταντινούπολη 1878 (εκδόθηκε μετά το θάνατό του).
Επίσης είχε συγκροτήσει σώματα σημειώσεων για τα μαθήματα που δίδαξε στη Μεγάλη του Γένους Σχολή: «Ιστορία της φιλοσοφίας», «Εκκλησιαστική ιστορία», «Δογματική θεολογία».