Η μεθοδολογία που ακολουθείται στις επιμέρους ενότητες είναι η ίδια με αυτήν που περιγράφεται στην εισαγωγική σελίδα του έργου "Εγκυκλοπαίδεια Μείζονος Ελληνισμού". Δεδομένου όμως ότι κάθε γεωγραφική περιοχή που εξετάζεται έχει τις ιδιαιτερότητές της, θεωρήθηκε σωστό να επισημαίνονται τα εκάστοτε μεθοδολογικά στοιχεία που τις χαρακτηρίζουν.
Με τον όρο "Μικρά Ασία" χαρακτηρίζεται, για τις ανάγκες του έργου, η γεωγραφική περιοχή της σημερινής ασιατικής Τουρκίας. Αυτό σημαίνει ότι πόλεις των παραλίων της βόρειας Τουρκίας περιέχονται και σε αυτόν τον τόμο της ΕΜΕ αλλά και στον επόμενο του Ευξείνου Πόντου. Αντίθετα η Κωνσταντινούπολη, λόγω του ειδικού ιστορικού βάρους, αποτελεί ειδικό τόμο.
Η ενασχόληση του Ιδρύματος με τρισδιάστατες αναπαραστάσεις μικρασιατικών κτηρίων της Αρχαιότητας και του Βυζαντίου οδήγησε στην παραγωγή μεγάλου όγκου πληροφορίας σχετικά με τα δομικά στοιχεία της περιοχής. Αυτός είναι και ο λόγος που εμφανίζεται χωριστά η θεματική κατηγορία "δομικά".