1. Ίδρυση και λειτουργία
Η σχολή ανωτέρων σπουδών του Νικηφόρου Βλεμμύδη ιδρύθηκε περί το 1248 στη μονή του Όντος Θεού στην περιοχή της Ημαθίας, κοντά στην Έφεσο. Η σχολή απευθυνόταν σε ερημίτες μοναχούς και ήταν οργανωμένη με βάση τις παιδαγωγικές απόψεις του ιδρυτή της. Παρά το γεγονός ότι απευθυνόταν σε μέλλοντες μοναχούς, στη σχολή διδάσκονταν όλοι οι τομείς της κοσμικής (θύραθεν) παιδείας και όχι μόνον η θεολογία.
Οι αρχές λειτουργίας της σχολής στηρίζονταν σε ένα Τυπικόν, το οποίο έχει διασωθεί εν μέρει.1 Σύμφωνα με αυτό, οι νέοι μπορούσαν να εισαχθούν στη μονή από την ηλικία των 10 ετών, διότι τότε, σύμφωνα με τον Βλεμμύδη, ήταν επαρκώς προετοιμασμένοι για θεολογική εκπαίδευση.
2. Περιεχόμενο σπουδών
Για τις ανάγκες της διδασκαλίας, ο Βλεμμύδης συνέγραψε μια σειρά πραγματειών, τόσο επιστημονικών όσο και θεολογικών. Στη σχολή διδασκόταν σε ένα πρώτο στάδιο η θεολογία. Έχει διασωθεί μία πραγματεία του Βλεμμύδη με σχολιασμό των Ψαλμών, καθώς και μια σειρά από εγκώμια, βίους αγίων κ.λπ. Στη συνέχεια, οι μαθητές περνούσαν σε υψηλότερη εκπαιδευτική βαθμίδα, όπου παρακολουθούσαν φιλοσοφία και τις επιστήμες της τετρακτύος (Quadrivium). Είναι χαρακτηριστικό της σχολής το ότι οι μαθητές διδάσκονταν πρώτα φιλοσοφία και μετά τις μαθηματικές επιστήμες, σε αντίθεση με άλλες σχολές της εποχής που ακολουθούσαν την αντίστροφη πορεία.
Βασικό εγχειρίδιο για τη διδασκαλία της φιλοσοφίας ήταν το Εισαγωγικής επιτομής βιβλίον πρώτον, περί λογικής, το οποίο αποτελεί σύνοψη του αριστοτελικού Οργάνου (στηρίζεται δηλαδή στα αριστοτελικά έργα Κατηγορίαι, Περί ερμηνείας, Πρότερα αναλυτικά, Ύστερα αναλυτικά, Τοπικά και Σοφιστικοί έλεγχοι). Για τη διδασκαλία των μαθηματικών επιστημών προοριζόταν το Εισαγωγικής επιτομής βιβλίον δεύτερον, περί φυσικής, που επίσης στηρίζεται στην αριστοτελική παράδοση. Το περιεχόμενό της ακολουθεί την αριστοτελική διαίρεση της φυσικής φιλοσοφίας στις ακόλουθες ενότητες: Φυσική, Περί γενέσεως και φθοράς, Περί ουρανού, Μετεωρολογικά. Αντικείμενα διδασκαλίας στη σχολή, αν κρίνουμε από τα σωζόμενα έργα του Βλεμμύδη, φαίνεται να αποτελούσαν τόσο η γεωγραφία (που διδασκόταν μέσω των εγχειριδίων Ιστορία περί της γης εν συνόψει και Γεωγραφία συνοπτική ή Σύνοψις γεωγραφική, με βασικές γεωγραφικές πληροφορίες σχετικά με τη σφαιρικότητα της γης, τα είδη του κλίματος, τις διαστάσεις της γης κ.λπ.), όσο και μαθήματα φυσιολογίας (με βασικό εγχειρίδιο το Λόγος περί σώματος) και ηθικής (με εγχειρίδιο το Λόγος περί ψυχής).
3. Παιδαγωγικές αρχές
Σκοπός της σχολής, σύμφωνα με τον ιδρυτή της, ήταν η βελτίωση των ανθρώπων, με τη διάπλαση σωστών χαρακτήρων μέσω της εκπαίδευσης και της μόρφωσης. Σκοπός της αγωγής ήταν να βοηθήσει τον άνθρωπο να αντικαταστήσει τις άλογες επιθυμίες με την ηθική θέληση, που κατακτάται με τη γνώση και την ανάπτυξη της κρίσης. Βασική μέθοδος απόκτησης της αρετής, της ηθικής θέλησης, είναι η συνεχής άσκηση. Στο σημείο αυτό οι παιδαγωγικές αρχές της σχολής φαίνεται να επηρεάζονται και πάλι από τις αντίστοιχες απόψεις του Αριστοτέλη, που υποστήριζε ότι η συνεχής άσκηση βοηθά στην απόκτηση της «συνήθειας της αρετής».
Η σχολή του Βλεμμύδη είχε αποκτήσει πολύ μεγάλη φήμη, σε σημείο να μην μπορεί να δεχθεί όλους όσοι απευθύνονταν σε αυτήν για να σπουδάσουν, όπως π.χ. συνέβη στην περίπτωση του Γεώργιου Κύπριου. Συνέχισε να λειτουργεί στην Ημαθία και μετά την ανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης (1261), αφού ο Βλεμμύδης αρνήθηκε να τη μεταφέρει στη Βασιλεύουσα. Ο Βλεμμύδης επιθυμούσε η σχολή του να συνεχίσει να λειτουργεί στη μονή, ανεξάρτητα από την εκκλησιαστική εξουσία και τις άλλες μονές. Για το λόγο αυτόν στη διαθήκη του όρισε το ποσόν των 100 λιτρών, που του είχε δοθεί ως δώρο από τον αυτοκράτορα, για τη διατήρηση του ιδρύματός του. Όμως, μετά το θάνατό του (1272), το μεν Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως οικειοποιήθηκε το κληροδότημα του Βλεμμύδη, η δε μονή έγινε μετόχι της μονής του Γαλησίου όρους.