1851: Με ανακοίνωσή του στην εφημερίδα Ιωνική Μέλισσα στις 27 Αυγούστου ο Ισηγόνης ιδρύει τη σχολή του σε ιδιόκτητο κτήριο στη συνοικία της Αγίας Αικατερίνης. Ο ίδιος διατελεί και διευθυντής.
1866-1873: Ο Ισηγόνης –και λόγω μακρόχρονης ασθένειας– διακόπτει τη λειτουργία της σχολής και ύστερα από πρόταση του καθηγητή Δ. Μαρουλή τη συγχωνεύει με τη σχολή Axenfeld College International, όπου ο ίδιος δίδαξε ως καθηγητής ελληνικά. Μετά τη διάλυση της σχολής το 1873 συνέχισε τη λειτουργία της παλιάς του σχολής.
1884: Η σχολή μεταστεγάζεται στη «Χιακήν οδόν» και μετονομάζεται σε «Ελληνικό Λύκειο» με συνδιευθυντή το Β. Καμινάρη.
1887: Ο Αντώνιος Ισηγόνης αποσύρεται από τη διεύθυνση του Ελληνικού Λυκείου και σύμφωνα με πληροφορίες του εγγονού του επανιδρύει το Ελληνικό Παιδαγωγείο, εκεί όπου παλιότερα λειτουργούσε. Οι πληροφορίες για τη δεύτερη αυτή περίοδο της σχολής είναι ασαφείς.